Bei der Güterzusammenlegung Egolzwil wurde für die neue Strafanstalt Wauwilermoos ein geeigneter Standort (fester Untergrund für Baracken und Scheunen) und grössere Flächen für die Landwirtschaft anvisiert.
Der neue Landwirtschaftsbetrieb der Strafanstalt, welche 1953 vom provisorischen Standort „Ronmatt“ (Kottwil) südlich des „Hübeli“ (Egolzwil) verlegt wurde, kam mit dieser Gesamtregulierung zu teils relativ sumpfigem Gelände.
Der erste Anstaltsdirektor Paul Oswald galt als „Moos-Pionier“, tatkräftig unterstützt durch seine treuen Kaderleute: Franz Räber, Hans Graf, Anton Troxler, Robert Dahinden, Edi Tschopp und Toni Rohrer. Das zuweilen schwierige Gelände wurde etappiert urbar gemacht. Dies geschah durch Roden und Entwässern. Mit einfachen Maschinen und strenger Handarbeit der Strafgefangenen wurde vor allem in den 1950er- und 1960er-Jahren ein durchdachtes System von Kanälen, offenen Gräben, Drainagen und Güterwegen erstellt.
Moosige Flächen wurden stets besser bewirtschaftet. Aus dem ehemaligen Sumpfland wurde so ertragreiches Kulturland für Ackerbau und Graswirtschaft.
Im generell sensiblen ökologischen Wauwilermoos sind nebst mehreren Hecken mit Schutzstreifen zudem grössere Flächen von der agrarischen Nutzung ausgeschieden. Die Vogelwarte Sempach betreut das „Wasser- und Zugvogelreservat von nationaler Bedeutung“, welches etwa 70 Hektaren umfasst.