Nach der ersten epochalen Tieferlegung der Ron samt der Untertunnelung der Wigger 1853 bis 1856, erfolgte im Zweiten Weltkrieg die zweite Ron-Korrektion. Wegen der Kriegswirren waren damals keine Importe von Futter- und Brotgetreide und weiteren Bedarfsgüter mehr möglich. Deshalb verfügte der Bundesrat eine strenge Anbauplanung, um mehr Lebens- und Futtermittel im Inland erzeugen zu können. Dieses kriegswirtschaftliche Projekt war bekannt als „Anbauplan F.T. Wahlen“.

Um diese vermehrte Eigenversorgung zu ermöglichen, wurde im Wauwilermoos der verbliebene Seerest sowie das Sumpf- und Riedland durch eine zweite Ron-Korrektur entwässert. Bei diesen Meliorationsarbeiten (1940 bis 1943) halfen auch internierte ausländische Soldaten, welche in den Moos-Gemeinden einquartiert waren, tatkräftig mit.

Bekannt war, dass das Wauwilermoos in Bezug auf die Bodenbeschaffenheit wie die Terraingestaltung besondere Gegebenheiten aufweist. Dazu kam, dass bei Kanälen und Leitungen topografisch bedingt minimales Gefälle und somit auch bescheidenen Abflussmöglichkeiten möglich waren. Deshalb entstanden auch in den Folgejahren bei längeren Regenperioden oder heftigen Gewittern teils grossflächige Überschwemmungen. Je nach Stand der Vegetation erlitten die Landwirte und der Anstaltsbetrieb namhafte Ertragsausfälle und mussten gleichzeitig Erschwernisse beim Bewirtschaften in Kauf nehmen.