Auf dem rund 130 Hektaren grossen Betrieb der Strafanstalt Wauwilermoos wurde auf Initiative der Vogelwarte Sempach bereits 1958 eine Fläche von rund 15 Hektaren als Sumpf- und Wasservogelreservat bezeichnet. Dort wurden 1962 die ersten ‚künstlichen‘ Weiher durch Ausbaggern realisiert. Sodann wurden 2009/10 Pumpteiche erstellt. 2015 konnten zudem auf fast einer Hektare Flutmulden angelegt werden, finanziert durch Lotteriefonds des Kantons Luzern und Konjunkturgelder des BAFU’s. All die offenen Wasserflächen, die Schilfbestände und angrenzendes Riedland sowie die neuen Flutmulden sind für Vögel, Amphibien, Libellen usw. wertvolle Lebensräume.
Ab dem 1. Juli 2009 ist das Wauwilermoos ein „Wasser- und Zugvogelreservat“ von nationaler Bedeutung. In der zugehörigen Bundesverordnung sind Bestimmungen wie die ganzjährige Leinenpflicht enthalten. Schutzziel des Gebietes ist die Erhaltung und Förderung des Gebietes als Rastplatz und Nahrungsgebiet für ziehende Limikolen (Watvögel) und überwinternde Wasservögel sowie als Brutgebiet für den Kiebitz und andere seltene Brutvogelarten.
Um die Vogelwelt gut beobachten zu können, ohne sie zu stören, wurde im Jahr 2016 auf Stelzen ein hölzerner Aussichtsturm mit begehbarer Besucherplattform in 7 Meter Höhe erstellt. Diese ist ganzjährig öffentlich zugänglich und macht das Naturschutzgebiet für Besucher*innen besonders attraktiv.
