Die Bahntrasse zwischen Nebikon und Sursee bereitete infolge topografischen und geologischen Gründen stets grosse Sorgen. Vor allem entlang dem Wauwilermoos verursachte der Bahnbau grosse Schwierigkeiten. Der moosige bis sumpfige Boden war einer Bahnanlage mit schweren Lokomotiven über Jahrzehnte hinweg feindlich gesinnt, da dieser sehr instabil war.
Ein weiteres Sorgenkind war und ist auch heute noch der aufgeschüttete Damm im Gebiet des Egolzwilersees. Die erheblichen Zugslasten und -geschwindigkeiten bewirken kontinuierlich eine Senkung des Trassees.
Nachbesserungen und Unterhalt sind wegen des instabilen Untergrundes entlang des Wauwilermoos also unerlässlich
Ein technisches Problem offenbarte sich immer mehr in der engen Kurve beim Köcheli. Diese Kurve beschränkte die Zugsgeschwindigkeiten bis in die neueste Zeit („Bahn 2000“). Eine Reduzierung des Kurvenradius, etwa durch Durchstich oder Untertunnelung des Köcheli-Hügels, wurde mehrmals diskutiert aber immer wieder verworfen.
