Mit der neuen Eisenbahnlinie wurde ab den 1850er Jahren die gegenüberliegende Landnutzung massiv eingeschränkt. Der Zugang war nur noch über die Bahnbrücke Richtung Schötz möglich, sowie ebenerdig über die mit Barrieren geschützten Bahnübergänge beim Moos, Köcheli und Schützenhaus. Diese wurden Mitte der 1970er Jahre durch Unterführungen ersetzt und jene beim Schützenhaus wurde ganz aufgehoben.
Im Rahmen von betrieblichen Veränderungen und schliesslich mit der Schliessung der Glasfabrik „Vetropack“, wurde auch der örtliche Rangierdienst (zum Verschieben der Weichen) eingestellt und die Zusatzgleise wurden rückgebaut.
Die SBB-Station Wauwil wurde im Jahr 2000 stillgelegt, stattdessen wurde für den Personenverkehr etwa 400 m westwärts eine unbediente, aber mit Ticketautomaten bestückte Haltestelle errichtet.
Im Sommer 2020 erfolgten namhafte Erneuerungen mit einer Erhöhung und Verlängerung des Perrons. Die Personenunterführungen wurden gleichzeitig überdacht. Dank gut gelegenem Parkplatz (ab 2020 tarifpflichtig), wird diese Haltestelle regional gut frequentiert benutzt.
Ein Stück „Service-public-Geschichte“ der Region ging am 31. Mai 2019 auch in Nebikon, durch die Schliessung des letzten bedienten „Bahnschalters“, verloren.
