Die intensivierte landwirtschaftliche Bewirtschaftung mit wenig natürlichen Strukturen war keine ideale Rahmenbedingung für eine mannigfaltige Vogelwelt. Im Rahmen von Vernetzungsprojekten wurden Niederhecken mit Krautsaum, Kanalböschungen mit artenreichem Aufwuchs und Kleinstrukturen gefördert. Gleichzeitig konnte der Anteil extensiv genutzter Wiesen und neuer Buntbrachen gesteigert werden. Solche belebende Massnamen begünstigten das Aufkommen zusätzlicher Vogelarten und eine vielfältigere Flora.
Nach der Jahrhundertwende nahm die Anzahl der Vogelarten und deren Reviere zu. Nebst der deutlichen Zunahme von Kiebitz und Goldammer vermehrten sich auch die Bestände der Turmfalken und Waldohreulen.
Während den Zugzeiten im Frühjahr und Herbst rasten auffallend viele Vogelarten während wenigen oder mehreren Tagen im Wauwilermoos.
Damit die verschiedensten Vogelarten und auch weitere Wildtiere vom Wasser- und Zugvogelreservat profitieren, sind verschiedene Schutzbestimmungen festgelegt. Für deren Einhaltung und das Ahnden von Verstössen ist eine Reservatsaufseherin seitens der kantonalen Dienststelle Landwirtschaft und Wald unterwegs.
